在一个Spring Boot应用中，如果你需要针对MongoDB的多个数据库执行查询操作，可以创建多个MongoTemplate实例，每个实例连接到不同的数据库。以下是如何配置和使用多个MongoTemplate的示例：

1. 在你的配置类中，定义并创建每个MongoTemplate Bean：

@Configuration  
public class MongoConfig {  
    @Bean  
    public MongoClient mongoClient() {  
        return MongoClients.create("mongodb://localhost:27017");  
    }  
    @Bean(name = "databaseOne")  
    public MongoTemplate databaseOneMongoTemplate() {  
        return new MongoTemplate(mongoClient(), "databaseOne");  
    }  
    @Bean(name = "databaseTwo")  
    public MongoTemplate databaseTwoMongoTemplate() {  
        return new MongoTemplate(mongoClient(), "databaseTwo");  
    }  
}  

以上代码创建了两个MongoTemplate Beans，分别名为databaseOne和databaseTwo，分别连接到两个数据库"databaseOne"和"databaseTwo"。

2. 在你的服务类中，注入并使用这两个MongoTemplate：

@Service  
public class MyService {  
    private final MongoTemplate databaseOneMongoTemplate;  
    private final MongoTemplate databaseTwoMongoTemplate;  
    public MyService(@Qualifier("databaseOne") MongoTemplate databaseOneMongoTemplate,  
                     @Qualifier("databaseTwo") MongoTemplate databaseTwoMongoTemplate) {  
        this.databaseOneMongoTemplate = databaseOneMongoTemplate;  
        this.databaseTwoMongoTemplate = databaseTwoMongoTemplate;  
    }  
    public void doSomething() {  
        // Use the templates to query the databases...  
        List<MyDocument> documentsOne = databaseOneMongoTemplate.findAll(MyDocument.class);  
        List<MyDocument> documentsTwo = databaseTwoMongoTemplate.findAll(MyDocument.class);  
    }  
}  

注意，你需要使用@Qualifier注解来指定你想要注入哪一个MongoTemplate Bean。

以上就是如何在Spring Boot中配置和使用多个MongoDB数据库的基本步骤。请记住，每次你执行查询或者修改操作时，都应该使用对应的MongoTemplate实例。