TMalign 是一种用于比较两个蛋白质结构的工具，其主要目的是通过最大化两者之间的拓扑相似性来对齐它们的3D结构。TMalign 的输出结果通常包括以下几个关键部分：

1. TM-score：

   • TM-score 用于衡量两个蛋白质结构之间的相似性，其值介于 0 和 1 之间。
   • 当 TM-score 大于 0.5 时，通常说明两个结构具有显著的相似性。分数越接近平行于1，结构越相似。
   • TM-score 不依赖于蛋白质的长度，因此可以更公平地比较不同尺寸的蛋白质。

2. RMSD (Root Mean Square Deviation)：

   • RMSD 是两个对齐结构之间的原子间平均平方根偏差，通常以埃（Å）为单位表示。
   • 较低的 RMSD 值通常表示结构更相似，但这项指标会受到序列长度的影响。

3. 序列比对信息：

   • 提供两个蛋白质序列之间的比对信息，显示哪些残基是匹配的，哪些是未匹配的。
   • 比对结果包括位置、氨基酸类型等信息。

4. 旋转矩阵和位移矢量：

   • TMalign 会给出一个旋转矩阵和位移矢量，这些用于将一个结构超定位另一个结构上。
   • 这些数学参数可以用于进一步的结构分析或可视化。

5. 匹配长度：

   • 指在生成的结构对齐中参与对齐的残基对的数量。
   • 通常与总体相似性相关联，匹配的残基对越多，通常表示更好的对齐和相似性。

6. 得分函数参数：

   • 包括 TM-score 和 RMSD 的计算方式，以及如何选择最优对齐的细节。

TMalign 的结果让研究人员能够评估两个蛋白质结构之间的相似性和差异，对于功能预测、结构分类、同源建模等研究有着重要的意义。在分析结果时，常会结合视觉化工具（如 PyMOL）来辅助理解对齐的实际情况。